Ο Καθηγητής Νικόλαος Βραχνής έχει εκλεγεί σε θέσεις διοίκησης και ευθύνης σε ιατρικούς οργανισμούς, εγχώριους και διεθνείς.
- ALSO International Advisory Board Member. Σύμβουλος μετά από εκλογή στο Διεθνές Πρόγραμμα Ανάνηψης στην Μαιευτική ALSO και εκπρόσωπος της Ελλάδας στο Διεθνές Συμβούλιο ALSO από το 2003 μέχρι σήμερα.
- ALSO(UK) Advisory Board Member. Σύμβουλος μετά από εκλογή στο Βρετανικό Πρόγραμμα Ανάνηψης στην Μαιευτική ALSO από το 2004 μέχρι σήμερα.
- Μέλος Διοικούσας Επιτροπής του ΠΜΣ «Παθολογία της Κύησης»
- Μέλος της Επιστημονικής Επιτροπής του Ευγενίδειου Θεραπευτηρίου «Η Αγία Τριάς», Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών.
- Μέλος του Διοικητικού Συμβουλίου της Μονάδας Διασφάλισης Ποιότητας (ΜΟΔΙΠ), Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών.
- Μέλος Διοικητικού Συμβουλίου ΕΜΓΕ (06/2015)
- ISUOG Educational Committee Member. Μέλος του Συμβουλίου Εκπαίδευσης και Επιμόρφωσης του ISUOG (International Society of Ultrasound in Obstetrics and Gynecology). To ISUOG είναι η παγκόσμια επιστημονική εταιρεία για την Υπερηχογραφία στην Μαιευτική και Γυναικολογία. Μέλος από το 2017 ως σήμερα.
- ISUOG Basic Training Task Force. Μέλος της Επιτροπής (2017 ως σήμερα).
- ISUOG Patient Leaflet Task Force. Μέλος της Επιτροπής (2016 ως σήμερα).
