Μοριακός έλεγχος όγκου και NGS

Πατήστε εδώ για να κατεβάσετε το κείμενο σε pdf

Μοριακός έλεγχος όγκου και NGS

Ενημερωτικό Φυλλάδιο για Ασθενείς

Γιατί μπορεί να χρειαζόμαστε δείγμα από τον όγκο και πώς μπορεί να μας βοηθήσει στη θεραπεία

Τι είναι το NGS;

Το NGS, από τον αγγλικό όρο Next-Generation Sequencing, είναι μία σύγχρονη μέθοδος μοριακής ανάλυσης που μας επιτρέπει να εξετάσουμε ταυτόχρονα πολλά γονίδια μέσα στα καρκινικά κύτταρα.

Κάθε καρκίνος δημιουργείται και εξελίσσεται μέσα από αλλαγές στη λειτουργία των κυττάρων. Ορισμένες από αυτές τις αλλαγές βρίσκονται στο DNA των καρκινικών κυττάρων. Με το NGS μπορούμε να αναζητήσουμε πολλές τέτοιες μεταβολές συγχρόνως, αντί να εξετάζουμε ένα γονίδιο κάθε φορά.

Γιατί χρειαζόμαστε ιστό από τον όγκο;

Για να γίνει αξιόπιστα ο μοριακός έλεγχος, το εργαστήριο χρειάζεται συνήθως δείγμα που να περιέχει αρκετά καρκινικά κύτταρα.

Το υλικό μπορεί να προέρχεται από:

• προηγούμενο χειρουργείο,
• παλαιότερη βιοψία,
• νέα βιοψία με βελόνα,
• ενδοσκοπική βιοψία,
• λαπαροσκοπική ή χειρουργική βιοψία,
• κυτταρολογικό υλικό ή cell block από υγρά του σώματος, σε ορισμένες περιπτώσεις.

Πριν προγραμματιστεί νέα βιοψία, ελέγχουμε πάντα εάν υπάρχει ήδη αποθηκευμένο υλικό από προηγούμενη επέμβαση ή εξέταση που είναι επαρκές για τον μοριακό έλεγχο. Εφόσον το υπάρχον υλικό είναι κατάλληλο, μπορεί να αποφευχθεί μία επιπλέον επεμβατική διαδικασία.

Τι εξετάζει το NGS;

Ανάλογα με το συγκεκριμένο εργαστηριακό panel, το NGS μπορεί να αναζητήσει:

• μεταλλάξεις σε γονίδια,
• μικρές απώλειες ή προσθήκες τμημάτων DNA,
• αύξηση ή απώλεια αντιγράφων συγκεκριμένων γονιδίων,
• γονιδιακές συντήξεις,
• ορισμένες μορφές γενετικής αστάθειας,
• σε ορισμένα panels, μικροδορυφορική αστάθεια (MSI),
• σε ορισμένες εξετάσεις, Tumor Mutational Burden (TMB).

Δεν κάνουν όλα τα NGS panels ακριβώς τις ίδιες εξετάσεις. Για τον λόγο αυτό ο θεράπων ιατρός και ο παθολογοανατόμος πρέπει να γνωρίζουν ποιο είναι το συγκεκριμένο θεραπευτικό ερώτημα πριν επιλέξουν την κατάλληλη εξέταση.

Πώς μπορεί να μας βοηθήσει;

Ο κύριος στόχος του NGS είναι να δημιουργήσει ένα πιο λεπτομερές «μοριακό προφίλ» του όγκου.

Το αποτέλεσμα μπορεί:

• να εντοπίσει μία γενετική αλλαγή για την οποία υπάρχει συγκεκριμένη στοχευμένη θεραπεία,
• να βοηθήσει στην επιλογή μεταξύ διαφορετικών θεραπευτικών επιλογών,
• να δείξει ότι μία συγκεκριμένη θεραπεία είναι λιγότερο πιθανό να βοηθήσει,
• να υποδείξει ότι ο ασθενής μπορεί να είναι κατάλληλος για συγκεκριμένη ανοσοθεραπεία,
• να βοηθήσει στην αναζήτηση κατάλληλης κλινικής μελέτης,
• να προσφέρει πληροφορίες για τη βιολογία και τη συμπεριφορά του όγκου.

Σημαίνει ένα θετικό NGS ότι υπάρχει οπωσδήποτε θεραπεία;

Όχι.

Μπορεί να βρεθεί μία μεταβολή για την οποία υπάρχει εγκεκριμένη θεραπεία. Μπορεί όμως να βρεθεί μία μεταβολή που είναι ενδιαφέρουσα επιστημονικά αλλά δεν έχει σήμερα αποδεδειγμένη θεραπευτική εφαρμογή.

Επίσης, μπορεί να μη βρεθεί καμία μεταβολή που να οδηγεί σε συγκεκριμένη στοχευμένη θεραπεία.

Αυτό δεν σημαίνει ότι «η εξέταση απέτυχε». Σημαίνει ότι, με τις σημερινές επιστημονικές γνώσεις και με τα γονίδια που εξετάστηκαν, δεν βρέθηκε ένας σαφής θεραπευτικός μοριακός στόχος.

Τι σημαίνει VUS;

Σε μία μοριακή έκθεση μπορεί να αναφέρεται ο όρος VUS – Variant of Uncertain Significance, δηλαδή «παραλλαγή άγνωστης κλινικής σημασίας».

Αυτό σημαίνει ότι βρέθηκε μία αλλαγή στο DNA, αλλά η επιστήμη δεν γνωρίζει ακόμη με επαρκή βεβαιότητα εάν η συγκεκριμένη αλλαγή συμβάλλει στην ανάπτυξη του καρκίνου ή αν μπορεί να χρησιμοποιηθεί για επιλογή θεραπείας.

Οι VUS κατά κανόνα δεν χρησιμοποιούνται από μόνες τους για να επιλεγεί αντικαρκινική θεραπεία.

Το NGS εξετάζει τα πάντα;

Όχι.

Αυτό είναι πολύ σημαντικό.

Το NGS εξετάζει γενετικές/μοριακές αλλαγές που περιλαμβάνονται στο συγκεκριμένο panel. Ορισμένοι όμως σημαντικοί βιοδείκτες δεν είναι γονιδιακές μεταλλάξεις αλλά πρωτεΐνες που βρίσκονται στην επιφάνεια ή μέσα στα καρκινικά κύτταρα.

Για παράδειγμα, ανάλογα με τον τύπο του καρκίνου, μπορεί να χρειαστούν ξεχωριστές εξετάσεις ανοσοϊστοχημείας για:

• PD-L1,
• HER2,
• Folate Receptor Alpha (FRα),
• ορμονικούς υποδοχείς,
• MMR proteins,
• άλλους ειδικούς θεραπευτικούς στόχους.

Επίσης, ορισμένες εξειδικευμένες εξετάσεις, όπως πλήρης ανάλυση HRD/genomic instability, μπορεί να απαιτούν ειδικό test διαφορετικό από ένα γενικό NGS panel.

Για τον λόγο αυτό το NGS αποτελεί μέρος του συνολικού μοριακού ελέγχου και όχι απαραίτητα τη μοναδική εξέταση που θα χρειαστεί ένας ασθενής.

Τι είναι το BRCA και το HRD;

Σε ορισμένους καρκίνους, ιδιαίτερα στον καρκίνο των ωοθηκών, έχει σημασία να γνωρίζουμε εάν υπάρχουν μεταβολές στα γονίδια BRCA1 ή BRCA2 και εάν ο όγκος παρουσιάζει ανεπάρκεια του μηχανισμού ομόλογου ανασυνδυασμού, που ονομάζεται HRD.

Οι πληροφορίες αυτές μπορεί να επηρεάσουν την επιλογή συγκεκριμένων θεραπειών.

Όμως υπάρχει μία σημαντική διάκριση:

Το BRCA που εξετάζεται μέσα στον όγκο είναι «σωματικό» ή somatic testing.

Ο κληρονομικός έλεγχος BRCA, που εξετάζει αν μία μεταβολή υπάρχει σε όλα τα κύτταρα του οργανισμού και μπορεί να έχει κληρονομηθεί, γίνεται συνήθως με αίμα ή άλλο κατάλληλο φυσιολογικό δείγμα.

Ένα αποτέλεσμα από τον όγκο δεν υποκαθιστά πάντα τον κληρονομικό γενετικό έλεγχο.

Τι είναι MSI και TMB;

Το MSI, ή μικροδορυφορική αστάθεια, είναι ένας δείκτης που μας πληροφορεί για συγκεκριμένη διαταραχή των μηχανισμών επιδιόρθωσης του DNA.

Το TMB, ή Tumor Mutational Burden, εκφράζει το συνολικό φορτίο ορισμένων μεταλλάξεων στον όγκο.

Σε επιλεγμένους καρκίνους και συγκεκριμένες κλινικές συνθήκες, οι πληροφορίες αυτές μπορεί να βοηθήσουν στην εκτίμηση πιθανής ανταπόκρισης σε ανοσοθεραπεία.

Δεν υπολογίζουν όλα τα NGS panels MSI και TMB.

Γιατί μερικές φορές χρειάζεται νέα βιοψία;

Μπορεί να χρειαστεί νέο δείγμα όταν:

• το προηγούμενο υλικό έχει εξαντληθεί,
• δεν περιέχει αρκετά καρκινικά κύτταρα,
• το DNA ή RNA δεν είναι επαρκούς ποιότητας,
• χρειάζεται μία εξέταση που δεν μπορεί να πραγματοποιηθεί αξιόπιστα στο υπάρχον υλικό,
• ο καρκίνος έχει εξελιχθεί σημαντικά μετά από πολλές θεραπείες και υπάρχει συγκεκριμένο κλινικό ερώτημα για τη σημερινή βιολογία του,
• απαιτείται νέο υλικό για συμμετοχή σε κλινική μελέτη.

Η απόφαση για νέα βιοψία δεν λαμβάνεται αυτόματα. Πρέπει πάντοτε να σταθμίζεται το πιθανό θεραπευτικό όφελος έναντι των κινδύνων της διαδικασίας.

Πόσο υλικό χρειάζεται;

Δεν υπάρχει μία απάντηση που να ισχύει για όλες τις εξετάσεις.

Η επάρκεια εξαρτάται από:

• τον αριθμό των καρκινικών κυττάρων,
• το ποσοστό του όγκου στο δείγμα,
• την ποιότητα του DNA και RNA,
• το είδος του NGS panel,
• τις πρόσθετες ανοσοϊστοχημικές εξετάσεις που μπορεί να απαιτηθούν.

Για τον λόγο αυτό είναι σημαντική η συνεργασία μεταξύ χειρουργού ή επεμβατικού ιατρού, παθολογοανατόμου και παθολόγου-ογκολόγου πριν από τη βιοψία.

Χρειάζεται πάντα χειρουργική βιοψία;

Όχι.

Εφόσον απαιτείται νέο υλικό, συνήθως αναζητείται πρώτα ο ασφαλέστερος τρόπος λήψης του.

Ανάλογα με τη θέση της νόσου, μπορεί να είναι δυνατή:

• βιοψία με βελόνα υπό υπερηχογραφική καθοδήγηση,
• βιοψία υπό αξονική τομογραφία,
• ενδοσκοπική βιοψία,
• λήψη υγρού και δημιουργία cell block,
• λαπαροσκοπική βιοψία,
• ή, σε επιλεγμένες περιπτώσεις, άλλη επεμβατική μέθοδος.

Η λιγότερο επεμβατική μέθοδος που μπορεί να εξασφαλίσει επαρκές και ποιοτικό υλικό είναι συνήθως προτιμητέα.

Το NGS είναι το ίδιο με τον κληρονομικό γενετικό έλεγχο;

Όχι.

Το NGS του όγκου εξετάζει κυρίως τις γενετικές αλλαγές που υπάρχουν στα καρκινικά κύτταρα.

Ο κληρονομικός γενετικός έλεγχος εξετάζει αν ο ασθενής έχει γεννηθεί με μία συγκεκριμένη γενετική μεταβολή που μπορεί να υπάρχει σε όλα τα κύτταρα του σώματός του και ενδεχομένως να αφορά και συγγενείς του.

Εάν από τον έλεγχο του όγκου προκύψει εύρημα που μπορεί να είναι κληρονομικό, ο ιατρός μπορεί να συστήσει ξεχωριστό γενετικό έλεγχο και, όπου χρειάζεται, γενετική συμβουλευτική.

Τι πρέπει να θυμάται η ασθενής;

Το NGS δεν είναι μία εξέταση που «βρίσκει το φάρμακο» σε κάθε περίπτωση.

Είναι ένα ισχυρό εργαλείο που μας βοηθά να κατανοήσουμε καλύτερα τον συγκεκριμένο όγκο και, όταν υπάρχει κατάλληλος βιοδείκτης, να επιλέξουμε πιο εξατομικευμένα τη θεραπεία.

Μπορεί να οδηγήσει σε μία στοχευμένη θεραπεία ή ανοσοθεραπεία, να υποδείξει κλινική μελέτη, να αποκλείσει μία μη κατάλληλη επιλογή ή να δείξει ότι δεν υπάρχει προς το παρόν αξιοποιήσιμος μοριακός στόχος.

Το σημαντικότερο είναι ότι τα αποτελέσματα ερμηνεύονται πάντοτε μαζί με:

• τον τύπο και το στάδιο του καρκίνου,
• τις θεραπείες που έχουν προηγηθεί,
• τη γενική κατάσταση του ασθενούς,
• τις απεικονιστικές εξετάσεις,
• την ιστολογική εξέταση,
• τις διαθέσιμες και εγκεκριμένες θεραπευτικές επιλογές.

Η απόφαση για το αν χρειάζεται NGS, ποιο panel πρέπει να χρησιμοποιηθεί και αν απαιτείται νέα βιοψία λαμβάνεται εξατομικευμένα από την ογκολογική ομάδα.